Sau khi táo bạo trốn thoát khỏi Bảo tàng Ký ức, Sayaka Miki trở lại Thành phố Mitakihara với một tin tức đáng lo ngại. Rắc rối với những gì cô ấy đã học được, Sayaka tiết lộ cho Madoka Kaname và Homura Akemi nơi ở của Mami Tomoe nhưng quan trọng hơn sự thật đáng lo ngại đằng sau sự tồn tại của các cô gái phép thuật.